DS3.0上机操作教程.doc
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1、Discovery Studio1Discovery Studio 上 机 操 作 Tutorials(Discovery Studio 版 本 :3.0)Discovery Studio 基 本 操 作Discovery Studio2Discovery Studio 基 本 操 作目 的 : 通 过 此教程,了解并掌握 Discovery Studio 中一些基本操作。 所需 功 能和模 块 :Discovery Studio Visualizer client所 需 数 据文件 :pk-10.sd 和 1aq1.pdb。 所 需 时 间: 30 分钟介 绍在使用软件进行课题研究前, 我们
2、首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。 为后续 的体系处理做好准备工作。这 个教程包括: 小分子配体准备 蛋白文件的处理小 分 子 配 体 准 备在 Discovery Studio(DS)中,可以直接构建分子 结构,也可以将在其它画图软件中画好的结构直接拷贝到 DS 中,本教程演示如何在 DS 中构建。1. 调用 Sketching 功 能从 View 菜单下,打开 Toolbars,选择 Sketching,Toolbars 中将显示各种 Sketching 的工具 ,这些工具可以用来构建化合物的初始结构。2. 利用 Sketching 构 建 化合 物 的 3D 空间 构 象 打开
3、一个分子显示窗口(Molecule Window),FilenewMolecule Window注: DS 中有四种窗口模式, 包括 Molecule window(显示分子结构) ,Protein Sequence Window(显示蛋白序列) ,Nucleotide Sequence Window(显示核酸序列) ,Script Window(显示程 序语言) ,因 此我们需要根据载入的文件类型选择窗口。DS 中构建化 合物的 3D 空间构象非常容易,也非常灵活。本教程以以下化合物 为示例,以 图示的方法演示如何构建化合物的结构。HN OH ON SCl N O H选择 ,在窗口中画出 结
4、构 1,点击 将其选中, ChemistryBondAromatic 得 到结构 2,选择 ,构建各 连接单键, 可得到 结构 3,再次点 击相应的键就可以构建双键结构 4,更换 元素类型, 选中某个碳原子,Chem istryElement 更换相应元素即可,最后得结构 5。Discovery Studio31 2 34 5图 1 分 子结 构 构 建过程选择 StructrueClean Geometry 可进一 步优化此化合物的几何三 维结构。3. 使用 protocol 处 理 多个配 体 结 构 如果配体数目较多, 还 要考虑对映异构体等因素时, 可用流程浏览器中的 Prepare
5、Ligand 处理 该 体 系 ,通 过 此 操 作 不 仅 可 以 产 生 三 维 结 构 ,加 氢 ,还 可 以 产 生 异 构 体 ,并 可 以 选 择 用Linpiskis rules of five 作为 筛选条件。从 File 中选 择并打开 pk-10.sd 文件, 默认为以表格浏览器 (Data Table View)形式打开, 快 捷键 Ctrl+G 可打开 图形窗口,Ctrl+H 可打开树状窗口。将相应分子的表格属性中 visible 前选中,即可观看分子结构(图 2)图 2 pk-10.sd 的 输 入 分 子结 构点击 Tools|Small Molecules,展开菜
6、 单中的 Prepare or Filter Ligands 一栏,在 其下拉列表的Prepare 中点 击“ Prepare Ligands”, 流程对应参数打开(图 3)。Discovery Studio4图 3 “Prepare Ligands”流程 参 数 设置点击 Run 运 行作业,等待作 业完成。从菜单中选择 Window | Close All,关闭所有窗口。双击作业浏览器(Jobs Explorer)窗 口中相应的行,打开 Report 页面。图 4 输出 的结 果 文 件输入的 10 个结 构,经过处理后产生 31 个配体分子,打开 Output Files 中的 pk-1
7、0.sd,观 察 结果。蛋 白 文 件 的 处 理1. 蛋 白 结 构的载 入 介绍三种蛋白结构的载入方法1.1 可通过 DS 直接从 PDB 库中下载 蛋白结构FileOpen URL 可出现图 5 对话框, 直 接输入蛋白 ID 号 如果机器联网,即可直接下载 到视窗中。Discovery Studio5图 5 “Open URL1.2 可通过流 程浏览器中的 RCSB Structrue Search 模糊查询所有符合条件的蛋白点击 Tools|Macromolecules,展开的菜单栏中点击 Query Online Databases,点击其下拉菜单 中 Search Databas
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