生物化学与分子生物学博士研究生培养方案-西南大学园艺园林学院.doc

附件2：西南大学博士研究生培养方案（报表）一级学科名称生物学专 业 名 称生物化学与分子生物学专 业 代 码071010西南大学研究生院制表填表日期：2013年6月12日修订日期：年月日一、学科（专业）主要研究方向序号研究方向名称主要研究内容、特色与意义研究生导师(博导注明)1基因组与生物信息学重要动、植物模式生物与动植物基因组生物信息分析，生物体基因组的结构、基因组成、重要基因功能与基因组进化分析等。2基因调控与信号传导动、植物模式生物与重要动植物的代谢、凋亡与生殖调控的重要功能基因的调控途径与信号传导通路研究。3分子发育生物学主要动、植物模式生物与重要动植物的胚胎发育机制研究。重点对动物胚胎的形成、组织器官的分化与原始生殖系的形成以及昆虫的变态发育与滞育等的分子机制进行研究。4功能基因研究主要动、植物模式生物与重要动植物的重要功能基因组研究，重要功能基因克隆与功能分析，重点对与发育、分化、细胞凋亡、性别调控、代谢与抗性等方面的关键基因的功能进行研究。5蛋白质组学主要动、植物模式生物与重要动植物在正常或异常条件下的蛋白质表达的时间与空间特征等进行研究。重点对与发育、代谢与家蚕发育变态、滞育、性别调控丝蛋白合成等有关的比较蛋白质组学进行研究6代谢工程与酶学主要动、植物模式生物与重要动植物的三大物质代谢与能量代谢等途径研究；参与生命活动的重要酶的纯化、制备与功能研究等。7分子药学对重要药用物质的成分、高级结构与功能等进行研究。8药用植物生物技术与生化工程对药用植物的药用成分进行分离、纯化与制备以及功能等进行研究。二、培养目标与学制及应修学分培养目标（本表可不填政治标准）：系统掌握生物化学与分子生物学的基本理论，具有广阔与坚实的基础，熟练掌握与基本实验操作技术，了解本学科的发展历史、现状与最新动态，能独立开展与本学科有关的研究与教学工作，能熟练应用计算机与一门外语。学位论文应具有重要的学术意义或应用价值，并具有一定的创新性。学制：全日制学术型博士生36年，基本学习年限掌握在3年。应修学分： 16学分（各学科自定）其中必修：15学分（含必修环节2学分） 选修不低于：1学分三、课程设置（包括主文献研读、学术活动等必修环节）类型课程编号课程名称（含中英文）开课学期学时学分任课教师考核方式备 注必修课公共课01000001001第一外国语1722外国语学院考试01000002002马克思主义与当代（含马克思恩格斯列宁经典著作选读）1543马克思主义学院考试平台课01071010011生命科学进展1543裴炎等考试专业课01071010001中外主文献研读136201071010021生物化学与分子生物学专题讨论2543课程组考试选修课01071010051基因组与生物信息学2543夏庆友等考查01071010052分子遗传学2543何凤华，谢建平等考查01071010053发育生物学1362罗凌飞等考查01071010054蛋白组学1543赵萍，唐云明，梁颖等考查01090200002生物工程原理与技术1542张兴国等考查01071010057植物生物化学与分子生物学2362朱利泉等考查01071007051基因表达与调控2362何宁佳等考查其它必修环节学科综合考试2不计学分，评定考试成绩后，向培养单位提交相关材料一份论文选题查新不计学分，提交查新报告，导师审核开题报告2不计学分，完清审核签字手续，向培养单位提交开题报告一份学术活动：参加学术报告、前沿讲座、学术研讨等（至少8次），并至少做2次学术报告2提交学术报告册，导师签字，培养单位核查中期考核及论文进展检查4不计学分，完清审核签字手续，向培养单位提交相关材料各一份选修环节社会实践活动1-2按照西南大学研究生社会实践管理办法（试行）执行同等学力考生补修课程生化或分子生物学技术不计学分分子生物学不计学分生物信息学不计学分不计学分注：1平台课是指涵盖本一级学科下所有二级学科或相近二级学科群共有的基础性课程，可根据实际情况开设。2按一级学科制定培养方案者应在专业必修课备注栏内标明所属二级学科。3必修环节在研究生毕业前必须完成，构成答辩的必备条件。 四、学术活动的基本要求1学术活动（前沿讲座、学术报告、学术研讨）的基本内容与基本形式：（1）导师组定期组织相关研究领域的学术研讨。（2）请国内同行领域专家来校举行专题学术讲座。（3）请国外同行领域专家来校举行专题学术讲座。（4）博士生在读期间至少参加1次以上全国性同领域学术交流活动并作学术报告。2次数、考核方式及基本要求：学习期间博士研究生至少参加8次学术报告，每次要提交学术心得或评论，交导师审核签字。参加二次以上省级学术会议或一次全国或国际性学术会议，完成两次学术报告。五、学科综合考试的基本要求学科综合考试的要求（时间、方式、内容、标准及考试形式等）：时间：在入学后的第二学期末之前进行学科综合考试。方式：由考试委员会主持。每一博士生的综合考试设一考试委员会，由本学科与相关学科的五名以上教授、副教授（或相当职称的专家）组成。考试委员会主席由教授（或相当职称的专家）担任。导师可以参加考试委员会，但不能担任主席。考试委员会报学位评定分委员会主席审核同意，并经研究生院批准后，方可进行考试。考试委员会聘一名讲师以上职称的人员作学科综合考试的记录。详细记录材料经分委员会主席审阅后由教学秘书存入博士生个人学籍档案袋中。内容：考查博士生的学科基础理论、专业知识、科研实践能力、主文献研读等内容。如其是否掌握本学科专业领域深厚、宽广的基础理论与专门知识，相关研究方向学术前沿的动向，以及必要的相关学科知识，同时考察该生是否具有分析问题、解决问题的能力。其范围除本方案规定学习的课程外，重点考查对本学科专业主文献研读情况。标准：按照考生对考试内容涉及领域知识的掌握程度、分析与解决问题的能力给出评语，并按合格、不合格两级评定成绩。考试成绩达到合格者，可进入（或继续）博士学位论文工作；成绩不合格者，视其情况，或按硕士生培养，或予以退学。逾期未参加学科综合考试者，按不合格处理。形式：口试，或口、笔兼试。考试之前，导师向考试委员会报告博士生的专业、研究方向及培养计划所规定的学习与科学研究任务。考试委员会根据专业培养目标及博士生个人培养计划的要求，确定考试范围，拟定考试题目。六、论文选题查新及开题报告、中期考核与论文进展检查的基本要求论文选题查新及开题报告的要求（时间、内容、标准及公开论证方式等）：博士生学位论文开题时间为第二学期末，由博士生作开题报告。由具有博士生培养经验的专家3人组成审查小组，对论文选题的可行性进行论证。对学位论文的研究是否主题明确、问题集中，有专业特色，具创新性等进行评价。中期考核与论文进展检查的要求（时间、具体组织形式等）：中期考核在入学后的第三学期初进行。由本学科与相关学科的3名教授组成考核委员会，对博士生进行中期考核。考查博士生是否掌握本学科领域的相关文献与学术前沿的动向。按照考生对考核内容的掌握程度给出评语，并按优、良、不合格三级评定成绩。考核成绩达到优或良为合格，可进入（或继续）博士学位论文工作；成绩未达到优或良，则为不合格，要求整改。论文进展检查在入学后的第四学期末进行，由本学科与相关学科的3名教授组成检查委员会，对博士生进行论文进展检查。检查博士生的研究工作进度与质量，对工作中存在的问题予以纠正。七、科研能力与水平的基本要求（列出可证明其科研能力与水平的检验标志）研读与所涉及的研究方向有关的主要经典著作与专业学术期刊上的有关文章，以及导师指定学习的相关领域的基础理论与专业知识，熟悉并能够恰当分析学科前沿状况。能够独立寻找或提出具有较重要学术意义与一定研究难度的课题。能够正确确立自己的突破方向、研究路线与工作方法。具有独立从事本领域研究工作的能力，明确所研究课题的重难点，能够实施与完成研究计划。论证严密，研究结果可靠，并能形成较高水平的学术论文。能够围绕一个主攻方向有计划、分阶段地完成有一定难度的系列研究工作。能够完成导师布置的其他研究任务。能够熟练地检索、阅读本专业的中、外文资料，能够很好地分析、评价与利用本专业与相关专业的中外文资料：在从事某项研究时（例如在完成学位论文时）不遗漏重要文献。充分熟悉与掌握学术规范，熟悉相关的研究方法，掌握科研论文的写作规范，不把自己的研究结果与他人的发现、观点、数据、材料相混淆，尊重他人成果，实事求是地表达自己的研究成果。具有创新精神与创新能力，富于学术勇气与学术敏感性，敢于向有重要意义的难题挑战；具有较强的把握问题的能力，在研究中能够做到问题集中、突出，主题明确、具体；学术兴趣广泛，善于学习、吸收并综合各方面的知识；表达能力较强，能够最终将自己独立的发现与创造性总结出来，形成让同行专家乃至更广泛的范围理解的研究成果。八、毕业及毕业论文的基本要求（包括毕业条件、毕业论文等方面的要求）毕业条件：在学校规定年限内，按培养方案的规定完成课程学习、学分要求与必修环节，成绩合格，在申请毕业答辩前公开发表属于毕业论文研究组成部分的1篇A类及以上学术论文，完成毕业论文并通过答辩，经审查合格者，准予毕业。一般不准予提前毕业，确因学业优秀，经本人申请，指导教师与所在培养单位同意，报研究生院批准，可以申请提前毕业，但在校时间不得少于二年。凡申请提前毕业者，应当达到以下基本条件：1中期考核结论为优秀或在校期间被评为优秀研究生；2人文社会科学博士研究生在申请毕业答辩前公开发表属于毕业论文研究组成部分的3篇A1学术论文，自然科学博士研究生在申请毕业答辩前公开发表属于毕业论文研究组成部分的2篇SCI源期刊一区学术论文或在Nature、Science等世界顶尖学术期刊发表的高水平学术论文1篇。以上学术论文界定标准参照西南大学授予博士学位学术成果要求管理规定（修订稿）（西校2012502号）中的相关要求执行。毕业论文基本要求：博士毕业论文是博士生学术水平的重要标志，应表明作者具有独立从事科学研究工作的能力，在科学或专门技术上做出创造性的成果，并反映作者在本门学科上掌握了坚实宽广的基础理论与系统深入的专业知识。博士学位论文应是系统的完整的学术论文，应对科技进步与国家经济建设具有较大的理论意义或应用价值。研究工作必须坚持实验性原则，论文内容必须以博士生独立完成的第一手实验、观测或调查的材料为主。 九、学位论文的基本要求（包括学术水平、创造性成果及工作量等方面的要求）资格要求：按时完成本方案规定的学习任务，并顺利通过学科综合考试，成绩达到优或良。学术成果按照学校学位委员会有关规定执行。成果无侵犯他人著作权行为，没有发表有严重科学性错误的文章、著作与严重歪曲原作的译作。内容要求：论文内容一般应由十一个主要部分组成，依次为：1.封面；2.封二；3.中文摘要；4.英文摘要；5.目录；6.符号说明；7.正文；8.参考文献；9.附录；10.致谢；11.攻读学位期间所取得的相关科研成果。论文选题应为本学科前沿，有重要的理论意义或现实意义。研究的主题明确，问题集中，材料详实。论文的撰写能反映出作者掌握了深厚宽广的基础理论与系统深入的专门知识。在理论或方法上有创新，有创造性成果，达到国内或国际同类学科先进水平，具有较好的社会效益或应用前景，能表明作者具有独立科学研究的能力。技术规范要求；自己的研究结果与他人的观点、材料、数据等不相混淆，引用他人的观点、材料、数据等应注明来源。独立完成论文。在准备与撰写过程中接受导师指导、采纳专家建议、获得他人帮助等应实事求是地表示感谢，但不能把未对论文提供帮助的名人等列入致谢之列。涉及到的背景知识、引用的资料与数据准确无误，所用概念、术语、符号、公式等符合学术规范，没有严重错译或使用严重错译的译文；对问题的论述完整、系统，推理严密，关键词得当。与导师一起在学位论文原创性声明与学位论文版权协议上签名，并附在学位论文首页。语言精练，文字表达准确，语句符合现代汉语规范，错别字、标点符号错误、外文拼写错误、笔误与校对错误等总计不超过论文的万分之三（按排版篇幅计）。具体格式按照西南大学博士研究生、硕士研究生学位论文撰写及打印要求执行。十、主文献研读书目（列出本学科专业的必读文献，不够可另附页）序号著作或期刊的名称作者、出版单位及年月1Cell 2Science3Nature 4Annual Review of Biochemistry 5A draft sequence for the genome of the domesticated silkworm (Bombyx mori) Xia et al. Science, 2004.6Crystal structure of the 2 adrenergic receptor-Gs protein complexRasmussen et al. Nature,2011.7Proteome analysis of silk gland proteins from the silkworm, Bombyx moriZhang et al. Proteomics,2006.8Complete Resequencing of 40 Genomes Reveals Domestication Events and Genes in Silkworm (Bombyx)Xia et al. Science, 2009.9The Dorsoventral Regulatory Gene Cassette spa ¨ tzle/Toll/cactus Controls the Potent Antifungal Response in Drosophila AdultsBruno et al. Cell,1996.10Repression of tyrosine hydroxylase is responsible for the sex-linked chocolate mutation of the silkworm, Bombyx mori.Liu et al. Proc Natl Acad Sci USA.2010.11Crystal structure of the Caenorhabditis elegans apoptosome reveals an octameric assembly of CED-4Qi et al. Cell,201012An allosteric mechanism for activation of the kinase domain of epidermal growth factor receptor.Zhang et al. Cell,2006.13Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas SystemsCong et al. Science,2013.14Molecular Genetics of Axis Formation in ZebrafishAlexander et al. Annu. Rev. Genet,2005.15Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined FactorsYamanaka et al. Cell,2006.16Applications of New Sequencing Technologies for Transcriptome AnalysisOlena et al. Annual Review of Genomics and Human Genetics,2009.17Genome-Wide Analysis of Protein-DNA InteractionsTae et al. Annual Review of Genomics and Human Genetics,2006.18分子克隆实验指南（上下册）（第3版）J.萨姆布鲁克 (Sambrook.J.) D.W.拉塞尔 著 黄培堂 等 译，科学出版社，200819Genes XJocelyn E. Kreb, Elliott S. Goldstein, Stephen T. Kilpatrick，高等教育出版社，2010.20蚕的基因组夏庆友、向仲怀，科学出版社，2013.21生物信息学分析实践吴祖建等. 科学出版社，201022植物生物化学与分子生物学Bob Buchanan , Russell L. Jones ,Wilhelm Gruissem 等瞿礼嘉、顾红雅、白书农、赵进东、陈章良 译，科学出版社，2004.23发育生物学安利国，科学出版社，2010.其它说明：本学科学科级刊物主要是中国科学、科学通报、遗传学报、动物学报、植物学报、微生物学报、生物化学与生物物理学报、生物化学与生物物理进展、分子细胞生物学报、细胞生物学杂志、生物工程学报、中国生物化学与分子生物学报、中国农业科学、作物学报、昆虫学报、菌物系统等期刊。本学科（一级学科）意见：负责人（签名）：年月日所在培养单位意见：负责人（签名）：年月日学部分委员会验收意见：负责人（签名）：年月日研究生院与主管校领导审核意见：负责人（签名）： 校领导（签名）：年月日第 19 页