NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦.pdf
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1、NCBI PubMedNCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦检索简介与检索技巧集锦注:在本文中的叙述中,所有输入 PubMED 检索框中的内容均用符号括起来,如以基因治疗为主题词检索,在检索框中的输入内容表示为。PubMed 简介PubMed 是由隶属于美国国家卫生部(NIH,National Institues of Health)的国家医学图书馆(NLM,Nationa Library of Medicine)下属的国家生物技术信息中心(NCBI,National Center forBiotechnology Information)提供,可通过NCBI 网站的 Entrez 检
2、索系统(Entrez retrieval system)进行 MEDLINE 和 PreMEDLINE 引文数据库的在线免费检索。此外,PubMed 还提供引文与其它数据库的接入服务,与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据,提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归 NCBI 所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D 蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。Entrez 检索系统是 NCBI 在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统,可检索 NCBI 网站的主要数据库,如 PubMed,核酸与蛋白序列,基因组序列,蛋白结构,OMIM 等
3、等。PubMed 是一类提供生物医学文献资料检索的数据库,此外,它还针对网上资源,提供全文地址及其它相关的 NCBI 提供的网上资源,如核酸蛋白序列、OMIM 入口等,以及其它生命科学数据库。其文献内容的提供方式,由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给 NCBI。如果该出版商有网站,则 NCBI 会提供相应的网络出口。MEDLINE及 PubMed 引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。PubMed 服务内容概括基于互联网 WWW 的 MEDLINE 及 PreMEDLINE 引文数据库免费检索系统。提供 MEDLINE、PreMEDLINE 与其他相关数据库接入服务,如 NCBI
4、的其它数据库 DNA 与蛋白质序列,基因图数据、3D 蛋白构象,人类孟德尔遗传在线,及 NCBI 外的其它数据库。提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据等等。Library of Medicine)最重要的书目文摘数据库,内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界 70 多个国家和地区的 4000 余种生物医学期刊,现有书目文摘条目 1000 万余条,时间起自 1966 年。随着国内互联网的普及,网络已逐步地成为一名医务工作者获取多种信息的有效渠道。网络已成为医学研究者追踪国际研究进展,了解世界先进水平的一个重要手段。传统的医学文
5、献检索(MEDLINE)尽管在本地局域网提供的情况下,具有高速的特点。但与互联网所提供的免费 MEDLINE 检索无法相比。网上免费 MEDLINE 检索的主要优势包括:更新速度快,能最快地了解世界各地的研究进展。PubMed 与 MEDLINE 的异同MEDLINE 是 NLM 最重要的索引期刊引文数据库和摘要(indexed journal citations),内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学,其内容已覆盖了美国及其它 70 多个国家和地区的 4,500 余种期刊。MEDLINE 所提供的引文索引内容是世界范围内的,但其中大部分为英语语种期刊,或者是有英文摘要
6、的期刊。MEDLINE 检索内容可起始于 1966 年,引文条目已超过一千万条,但MEDLINE 所提供的在线检索内容只起始于 1976 年,而早于60 年代中期(1966)的引文条目,则可在 NLM 所提供的 OLDMEDLINE 服务在线检索。所有在 MEDLINE 数据库中的文献均已加上了主题词和发表类型。MEDLINE 数据库内容是 NLM PubMed 的最主要检索内容。PubMed 除了 MEDLINE 数据库的内容外,还包括:与 MEDLINE 生命科学有关的其它研究领域(如天文技术)的文献资料在期刊内容还未列入 MEDLINE 之前的文献资料一些递交了全文到 PubMed 中心
7、(PubMedCentral),并经NLM 评述了的其它生命科学期刊文献资料由上可见,通过 PubMed 检索的医学文献资料比单纯地检索 MEDLINE 所获得的信息内容更多,更广泛,可检索到与生命科学有关的其它学科(如天文技术)在生命科学的应用。当然,如果检索者需要特定地检索 MEDLINE 数据库内容,可在检索页面点击“Limit”并从“Subsets”中选择 MEDLINE,可达到对 MEDLINE 数据库的专一限制性检索。关于 PubMed 与 MEDLINE 的具体异同,读者也可参阅 NLM 提供的在线资料(见后附录)。PreMEDLINE 是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断
8、地接受新数据,可为用户提供基本的文献条目和文摘,其文献条目在标引和加工后每周向 MEDLINE 移加一次。自动术语匹配自动术语匹配(automatic term mapping)是指 PubMed 对输入检索框中的检索词进行智能化地校地,将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则,依次为主题词表(MeSH(Medical SubjectHeadings)Translation Table),期刊表(Journals Translation Table),短词表(prase List),作者索引(Author Index)。2.期刊匹配表(Journal Translation Table)该表
9、包含了期刊的全名(Full name of journals),MEDLINE 期刊缩写(MEDLINE abbreviations),以及期刊的 ISSN 号(ISSN numbers for journals)。作用在于将检索框中的检索词自动地与期刊名称匹配,如检索,PubMed 会自动地将其翻译为。3.短词表(Phrase List)短词表源自 MeSH,UMLS 和 Supplementary Concept Substance Names,如。4.作者索引(Author Index)如果以上均未找到匹配项,且在检索词后还有一个或两个字母,PubMed 将会自动地进行作者名称匹配。都不
10、行?PubMed 将短语打散后,再进行匹配,直到有匹配项为止。若还找不到,则将单个术语用 进行组合,在所有检索标签中查找自由词检索特点自由词检索即指在对检索词无任何(检索标签)修饰的情况下进行文献检索,如欲检索“小儿哮喘药物治疗”,只需在 PubMed 提供的检索框中输入即可,PubMed会自动地根据“术语自动匹配”(automatic term mapping)原则智能化地在可能有关联的检索词之间匹配一个布尔什操作符号(Boolean operators)AND。最常用的检索条目最常用的检索条目包括作者作者检索格式:。如检索“smith ja”或“jones k”。以此格式进行名字的检索,P
11、ubMed 会自动地将其识别为作者名(author field)检索。如果只输入“名(last name)”1)将作者姓名用双引号,并加上检索标签(search tag)读懂 PubMed 网页内容在检索文献时,如果检索者比较细心的话,会发现每一个检索条目中,在 PMID 后,会标记下述三个标签之一。这三个标签是什么意思呢且看下面的详细解释。PubMed-indexed for MEDLINE:已经加入的 MeSH,发表类型,GenBank 索取号及其它可索引数据资料的文献PubMed-in process:已递交到 PubMed 数据库,但尚未加入 MeSH 等索引数据资料的文献PubMed
12、-as supplied by publisher:特指由出版商提供的,未加入 MEDLINE 数据库的文献从上面,又可再次的窥探 PubMed 与 MEDLINE 的异同,以及为何检索 PubMed 时,会比仅检索MEDLINE 的文献条目要多!日期及日期范围限定格式:(即:年/月/日 小时:分钟,且年、月、日、小时、分钟的数字位数必须写足其标准格式,即分别为 4、2、2、2、2 位数,当不足两位数时,补上数字零,如。上述格式中,除“年”外,其它均是可选项,如、等。日期范围限定检索格式:,即两个日期之间用冒号隔开,且两个时间段之间可精确到分钟,冒号与两个具体日期之间是否有空格并不影响检索结果
13、。数字位数规则与前相同。如、等。Limiting by Date(日期限定)使用Entrez 下拉式菜单,可以把你的搜索范围设定在30 天到 10 年,出版日期下拉菜单有 Publication Date 与 Entrez Date 两项,以确定使用那种日期记法来设定搜索范围。使用 From、To 框输入一个时间段;以 YYYY/MM/DD 的格式输入日期(月和日可不填)常用的检索标签AB(Abstact):文献摘要AD(Affiliation):第一作者的研究单位与地址,及资助号AU(Author):作者CY(Contry):期刊发表的国家DP(Puclicaiton Date):文献发表的
14、日期EDAT(Entrez Date):文献录入 PubMed 的日期FAU(Full Author Name):所有作者的名字IP(Issue):期刊的期号LA(Language):文献发表的语言类别MH(MeSH Terms):NLM 文献数据库中的医学主题词MHDA(MeSH Date):MeSH 加入文献的日期。当医学主题词加入文献后,该日期才与 EDAT 日期一致PMID(PubMed Unique Identifier):每条 PubMed 文献的唯一识别符PT(Publication Type):文献发表的类型,如综述,病例报道等PG Pagination The full pa
15、gination of the articleRF(Number of References):特指综述(Review)类文献所引用参考文献的数目SB(Subset):副主题词TA(Journal Title Abbreviation):期刊名标准缩写TI(Title):文献标题UI(MEDLINE Unique Identifier):MEDLINE 文献唯一识别符VI(Volume):期刊的卷号检索技巧及注意事项小集锦1.输入布尔什操作符(包括 AND,OR,NOT),所有字母必须大写。当输入多个布尔氏操作符时,其处理的顺序为从左到右。如欲改变此顺序,则可用括号将需要组合的检索式括起来组成
16、一个相对独立的检索项,如。加上括号后,PubMed 会优先检索括号中的内容,然后再将其内容与括号外的检索内容进行相应的组合,以得到检索者所需要的特定检索策略结果。2.不区分检索词的大小写,即检索“DNA”与“dna”是一样的。3.在对一些特定内容(如作者名,期刊名)进行检索时,应当养成用双引号将其括起来的习惯。因为,在无双引号将这些特定内容括起来,以告诉PubMeD 搜索引擎“这是一个特定的检索词”的情况下,PubMed 将自动地按照“术语自动匹配”原则对检索词识别后再检索,如当检索的期刊名为“Gene Therapy,Science,Cell”时,PubMed 会自动地将其标记为 MESH
17、后再检索,而不是按照期刊名来检索。为了避免这种情况发生,检索式应当为,或。4.利用通配符进行检索。在一个单词之后加上该通配符后,PubMed 可检索以通配符前字母开头的至少 150 种相应单词,但,当使用这一功能时,就不能其“术语自动匹配”功能了。如可检索到“flavor,flavored,flavorful,flavoring”等。5.进行特定短语搜索时,可用双引号将其括起来,不过,此时也同样丧失了“术语自动匹配”功能。6.对于特定内容的检索,如阅读一篇原文时,想对其后的某一篇参与文献检索。此时,如果用常规的 PubMed 检索策略就比较困难和哆嗦一点。不过,通过PubMed 所提供的特殊检
18、索功能,可达到此目的-单一文献匹配检索器(Single Citation Matcher)和批量文献匹配检索器(Batch CitationMatcher)。顾名思义,前者可以特定的条件(如期刊名、文献的卷号、发表日期、文献首页页码等)快速地找到所需文献;而后者,则对同一批文献进行检索,如检索 Science 期刊 2002 年第一期杂志。上述两上功能模块均可在 PubMed 检索页面的左侧导航栏中找到相应的连接标签。此外,还可通过 EMAIL 方式特定地查找文献资料(,在信的正文只输入“help”可获得应用该功能的帮助信息资料文件)。7.当使用检索标签(search tags)限定检索词属性
19、时,检索标签应用方括号括起来,且对检索标签字母大小写不敏感(不影响检索结果),且检索标签与检索词之间是否有空格亦不敏感(不影响检索结果)。推荐参考读物PubMed 概况简介URL:PubMed 提供了的官方在线帮助文件详细介绍了如何应用它来进行文献检索,以及检索中的技巧与注意事项问题。本文中的大部分内容均源于此帮助文件。URL:PubMed 提供的在线 FAQ 文件URL:NCBI PubMedNCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦(二)检索简介与检索技巧集锦(二)近年来,随着 INTERNET 的普及,一些机构通过 INTERNET 提供 MEDLINE 数据库免费检索服务,如美国国
20、立卫生院提供的 PubMed 检索系统)、由广告商提供的HEALTHGATE检索系统)和 MEDSCAPE 检索系统、HELIX 检索系统、MEDEC 检索系统等、AVICENNA 检索系统等。其中PubMed 数据更新快,检索系统比较完善,深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎。但由于不少使用者不熟悉 PubMed 的使用方法,因而不用或少用,即便使用,检索结果也不太满意。本文拟简要介绍 PubMed 及其具体操作方法。PubMed 检索系统所提供的书目信息数据库主要来源于 MEDLINE 和 PREMEDLINE。其中 PREMEDLINE 是指将要进入 MEDLINE 数据库的文献先做成
21、一个数据库,数据为每天更新。PubMed 提供了强大的技术支持。使用户可以非常容易地在普通检索界面进行检索(普通检索界面可通过布尔逻辑组配执行高级检索界面的功能)。1.1.主题检索主题检索在检索式提问框中输入一个或更多的词,然后按回车键或用鼠标点击 search按钮,PubMed 就会利用自动词语匹配功能将重要的词或词组用AND组合在一起进行检索。当然,也可使用 MeSH/副主题词组配格式(MeSH 为 Medical Subject Headings 的缩写,是美国国立医学图书馆编写的医学主题词表),如 neoplasms/diet therapymh*。“自动词语匹配”是检索系统将输入的检
22、索词根据 MeSH 注释表、期刊名注释表、常用词组表和作者索引进行匹配。MeSH注释表MeSH 注释表包括 MeSH 词、副主题词、MeSH 词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词,则该词将被作为MeSH 词和自由词(即 textword)同时进行检索。例如,如果我们输入 Vitamin h,PubMed 会这样检索:(“BiotinMeSHOR itaminhtw)-vitamin h 是 MeSH 词 Biotin 的款目词。期刊名注释表包括期刊名全称、期刊名 MEDLINE 缩写、ISSN 号。例如,如果你输入“New Englan
23、dJournal of Medicine”,PubMed 将按“N Engl J Medta”查询。常用词组表如果在 MeSH 注释表或期刊名注释表中未发现匹配的词,PubMED 就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中多次出现的常用词组表,例如 cold compresses。作者索引如果输入的检索词在以上词表中未找到,且该词后有一或二个字母,PubMed 就会查检作者索引。如果在作者索引中仍未找到匹配词,PubMed 就将该词组分开并重复上面的查找过程。如果还没有匹配词,PubMed 将该词组的每个单词用AND组配并在所有字段中查找。2.2.作者姓名检索作者姓名检索输入作者姓名时应采用
24、姓+名(名的首字母缩写,不用标点符号)的格式,例如 SmithJA。PubMed 将自动地截取作者姓名中名的首字母以适应不同的名缩写。如果只输入作者的姓,PubMed 会在包括作者字段在内的所有字段进行检索,例如只输入 Yang,则 PubMed将象下面一样检索:Yin-Yangmh或 Yangtw。此外,如果使用双引号“”将作者的姓全称和名的第一个首字母引起来,并用作者检索字段标识符au 限制,如“smith j”au,PubMed 将关闭自动截词,且检索姓名中名只有一个字母缩写的作者。3.3.期刊名称检索期刊名称检索可以输入期刊名全称检索,如 molecular biology of th
25、e cell;期刊名 MEDLINE 缩写名称检索,如 mol biol cell;或 ISSN 号检索,如 1059-1524。如果期刊名称正好是医学主题词表(MeSH)中的词,例如genetherapy、science、cell,PubMed 会将其当作 MeSH 词进行检索。因此,在此种情况下应使用期刊名称检索字段标识ta,如 genetherapyta。如果期刊名称是一个单词,也需要使用期刊名称检索字段标识,如 scanningta,否则会在所有字段检索该词。推荐使用期刊名称全称或 MEDLINE 缩写形式检索期刊。同时需要注意的是,在以前的引文中,ISSN 号是不能保证的。4.4.截
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