生物信息学作业实验5-3.doc
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1、【精品文档】如有侵权,请联系网站删除,仅供学习与交流生物信息学作业实验5-3开课学院及实验室:生命科学学院 计机楼407 2013年 11 月 29 日 学 院生命科学学院年级、专业、班生物工程姓名学号10142000实验课程名称生物信息学成绩实验项目名称实验5-3 多重序列比对及系统发生树的构建指 导 教 师一、实验目的1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程,获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识;2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法;3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。二、实验内容1、采用以上例子给出的DNA序列进行系统发育树的构
2、建结果。(包括序列比对结果及最终生成的树)2、以下给出的是蛋白质序列,使用以上方法构建系统发育树。(包括序列比对结果及最终生成的树)RATMEPKRIREGYLVKKGSVFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKKKSDNNPKGMIPLKGSTLTSPCQDFGKRMFVLKITTTKQQDHFFQAAYLEERDAWVRDIKKAIKCIEGGQKFARKSTRRSIRLPETIDLGALYLSMKDPEKGIHUMAN MEPKRIREGYLVKKGSVFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKKKSDNSPKGMIPLKGSTLTSPCQDFGKRMFVFKITTTKQQDHFFQAAF
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6、RDMKKAIKCIEGGQKFARKSTRRSIRLPETIDLGALYLSMKDTEKGI3、以上构建系统进化树的方法为N-J法,请总结采用蛋白质序列构建系统进化树与采用DNA序列构建系统进化树所选用的程序的区别。三、实验步骤1、DNA序列进行系统发育树的构建结果图中的8和50分别表示8个序列和每个序列有50个碱基。 2、用PHYLIP软件推导进化树1、进入EXE文件夹,点击SEQBOOT程序输入test.phy文件名,回车。 图中的D、J、R、I、O、1、2代表可选择的选项,键入这些字母,程序的条件就会发生改变。D选项无须改变。J选项有三种条件可以选择,分别是Bootstrap、Jack
7、knife和Permute。文章上面提到用Bootstraping法对进化树进行评估,所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基(氨基酸)中任意选取一半,剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样,一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法(最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法)每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较,按照多数规则(majority-rule)我们就会得到一个最“逼真”的进化树。Jackknife则是另外一种随机选取序列的方法。它与Bootstrap法的区别是不将剩下的一半序列补齐,只生成一个
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