《ubMed使用方法》PPT课件.ppt
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1、PubMed使用方法内容纲要n一、PubMed及NCBI相关数据库简介n二、PubMed数据范围三、PubMed主页的结构n四、PubMed检索方法以及检索结果的处理n五、PubMed CentralPubMed及相关数据库介绍nNCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)nNCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一,其成立的原因是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性,因此,在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institute
2、s of Health(NIH)底下的National Library of Medicine(NLM)的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验,且因它是NIH的单位,因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。nNCBI成立的主要任务为:n提供生物医学的分析与计算工具,协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色n发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程,包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统;促 进研究与医学社群使用数据库与软件;协调生物技术信息的传递与 管理;执行以计算机为基础的进阶信息分析过程,用以分析
3、生物重要分子的结构与功能。nNCBI的组织架构n NCBI主要分为三个部门,分别为:Computational Biology Branch(CBB)、Information Engineering Branch(IEB)与Information Resources Branch(IRB),各部门分别具有不同的任务。NCBI的组织架构nComputational Biology Branch(CBB)n处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究,包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。n建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产
4、业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。n提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。n与分子生物社群互动,利用计算与理论方法提高实验研究质量。NCBI的组织架构nInformation Engineering Branch(IEB)n进行数据表现与分析的应用研究,包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。n设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书,包括核酸、蛋白质与结构信息。n设计与发展分布式软件系统,提供研究人员本机与远程的计算服务。n 协调公开序列、遗传、结构、目录信息,建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。n 建立NIH内部与外部学
5、术单位的信息学合作研究计划。n提供软件与数据库设计咨询与建议。n发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。NCBI的组织架构nInformation Resources Branch(IRB)n计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作,包含用来研究、发展与存取公开数据库的计算机系统。n提供NCBI人员与外来使用者技术支持。n提供NCBI服务之网络操作指导。n规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。n计划、发展与管理政府合约与合作协议书,已获得支持NCBI信息n功能的设备与服务。n作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。n执行应用研究与发展,提供技术支持与指导,鉴定使用者需求;n 管理生物使
6、用社群之问卷调查,以评估NCBI发展的软件使用情形。n协调政府其它办事处与生物信息资源,促进NCBI数据储存的发展。NCBI的组织架构nNCBI还有一个跨多学科的基础研究群,组成人员包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物理学家,共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题,这些问题包含了基因结构侦测与分析、序列分析、立体结构预测、重复序列类型(Pattern)、建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学模型评估序列相似性
7、在统计学上的重要性、建立文章检索的载体(Vector)模型等。除此之外,这些研究人员尚与NIH的研究单位、学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系,目前仍有多项研究计划正在进行当中。NCBI资源nNCBI目前提供的生物信息资源主要分为n生物数据库n生物信息工具NCBI资源n生物数据库n生物数据库是一个永久数据的大的组织体,通常结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究人员而言,数据库必须符合:容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能。nNCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez,可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质数据库除
8、了可查询蛋白质信息,同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前,NCBI提供的公开(Open Access)数据库包括如下:Entrez以及BLASTnEntrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列,定位,分类,和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列,蛋白序列,大分子结构,全基因组,和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列,结构,和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得,PubMed是一个网络搜索界面,可
9、以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问,包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。nBLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序,还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有:开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工具,Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器,提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。Entrez可以检索的数据库nBooks 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据
10、库nCancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据nConserved Domain Database(CDD),蛋白质功能区块保留序列数据库n3D Domains,蛋白质功能区块立体结构数据nGene,包含许多物种的基因数据库nGenome,包含超过800种物种的基因组数据库nGENSAT,小鼠中枢神经系统基因表现图谱nGEO Datasets,基因表现实验与生物芯片数值结果数据nGEO Profiles,基因表现
11、图谱nHomoloGene,同源基因批注数据库nJournals,期刊文献(包含PubMed)nMeSH,医学文献索引字符串nNCBI Web Site,所有NCBI网页nNLM Catalog,美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录nNucleotide sequence database,核酸序列数据库(包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库)Entrez可以检索的数据库nOnline Mendelian Inheritance in Man(OMIM),人类遗传疾病相关文献数据库nPopSet,族群演化分析相关研究资料nProtein sequence data
12、base,蛋白质序列数据库(包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料)nPubChem BioAssay,化学成分之生物活性筛选资料nPubChem Compound,小分子化学物质结构nPubChem Substance,具生物活性之化学物质筛选数据nPubMed,科学文献报导数据库nPubMed Central,科学文献数字全文数据库nSite Search,可搜寻NCBI的网页与FTPnSNP,单点核酸多样性数据库(dbSNP)nStructure,分子模型数据(MMDB)nTaxonomy,以核酸或蛋白质为基础
13、的分类学信息nUniGene,人类unique基因序列数据库nUniSTS,unique序列卷标地址数据库PubMed数据范围n数据类型:期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。n特点:n免费提供题录和文摘n提供与原文的网址链接(部分免费获取)n提供检索词自动转换匹配n操作简便、快捷PubMed数据范围nMEDLINEn4800余种生物医学期刊,内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。n文献量达1千2百多万条记录,并回溯到1966年。n记录中用indexed for MEDLINE标记表示注 截止2006年3月15日PubM
14、ed公布的数据nIn process citationn提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。n获MeSH词后,再加入MEDLINE。n记录中用in process标记表示。nPublisher Supplied Citationsn出版商直接向PubMed提供电子记录n包括MEDLINE未收录的部分记录n记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。nOldMedlinen1950-1965年间发表的200多万篇文献n没有MeSH字段和摘要n记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。nPubMed not Medlinen
15、PubMed 收录Medline不收录的文献。n记录中用PubMed标记表示。PubMed与MEDLINE的区别n收录范围广:nMEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊(物理、天文、化学等)n收录记录新:n在MEDLINE数据标引前的最新题录n文献类型全:n提供电子原文链接(部分免费)基本检索输入框特征栏提供辅助检索功能侧栏提供其他检索如期刊数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索执行检索PubMed主页主页PubMed 基本检索规则n在检索栏中输入:n一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索)如:placenta growth oxygen genbacev on著者姓名
16、,姓在前,名首字母在后。如:smith abn刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式 如:clin exp immunoln布尔逻辑运算式:(运算符须大写)如:Stem ti AND neuroscience多个检索词输入Moore AM撰写的有关接触性皮炎的文章刊名的输入(字段限定来源出SO)著者检索moore amau检索提问输入仅检索有文摘的文献PubMed 基本检索规则n截词检索:treat*n强迫短语检索:“brca 1”(不再自动转换匹配和扩展检索)PubMed 基本检索规则n自动转换检索词(automatic term mapping)n自动对照规范词表,期刊名表,短语,著
17、者名索引,依次寻找转n短语寻找转换n单词转换单词在上述四个字段寻找转换在所有字段中转换n如:输入stemti AND neurosciencenDetails显示:stemti AND(neurosciencesTIAB NOT MedlineSB)OR neurosciencesMeSH Terms OR neuroscienceText Word)n自动扩展检索n系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索,如:输入“hypertension therapy,系统自动将高血压的药物治疗、饮食疗法,PubMed的辅助检索nLimits(检索限制选择)n字段限制:著者、刊名、篇名、滤过(filter
18、原文收藏处)等n数据输入时间:默认检索可回溯到1950年,限制选择30天-10年n7种文献类型限制n7种语种限制n12种子文档:(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics)编制检索式n主题词型n哮喘的药物治疗(asthma,drug therapy)asthma/drug therapyn手损伤的治疗(hand injuries,surgery,therapy)hand injuries/surgery OR hand injuries/therapyn阿司匹林治疗心肌梗死(aspirin,therapeutic use,myocardial infar
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