基因工程专题1:基因芯片和第二代测序技术简介.ppt
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1、一、基因芯片(一、基因芯片(gene chip)技简介)技简介生物芯片(生物芯片(biochip)基因芯片(基因芯片(gene chip,DNA chip,or DNA microarry)基本概念基本概念GeneChip主主要要是是用用Northern blotting的的原原理理,将将Northern Blotting的的探探针针固固定定在在特特定定的的固固体体基基质质上上,而而原原来来印印记记在在膜膜上上的的目目标标RNA进进行行标标记记,然然后进行的大规模的杂交。后进行的大规模的杂交。The Dimensions of a GeneChip5”5”5”5”Up to 6,500,000
2、 Up to 6,500,000 featuresfeatures /chipchip1.28cm1.28cm1.28cm1.28cm5m5m5m 5m *Millions of identical Millions of identical probesprobes /featurefeature基因芯片的制作方法基因芯片的制作方法原位合成芯片原位合成芯片 光蚀刻原位合成法(Affymetrix)、电化学原位合成法、喷墨式原位合成法点样芯片点样芯片 针点式点样法、喷墨式点样法 原位光刻合成基因芯片原理原位光刻合成基因芯片原理光源遮蔽板芯片array probesA 33 arrayCGACG
3、ACACGAGCGAGCNucleotide Deposition Sequence ACGA Mask 1AAAAA探针合成探针合成探针合成探针合成array probesA 33 arrayCGACGACACGAGCGAGCNucleotide Deposition Sequence ACGC Mask 2CCCCCCAAAAAA 33 arrayCGACGACACGAGCGAGCNucleotide Deposition Sequence ACGG Mask 3CCCCCCAAAAAGGGGGGCGACGACGAGCGAGCAC探针合成探针合成完成的芯片完成的芯片Cy3和Cy5Cy3激发
4、波长532nmCy5激发波长635nm表达谱芯片实验流程1、分离RNA(10g)2、标记3、杂交(预杂交)4、洗片5、扫描Affymetrix GeneChip 二、第二代测序技术简介二、第二代测序技术简介(Next-generation sequencing)Key Genomics Technologiesl l19751975-Southern DNA hybridization technique-Southern DNA hybridization techniquel l19771977-Sangers chain-termination and -Sangers chain-te
5、rmination and MaxamMaxam、Gilberts chemical DNA sequencing methodsGilberts chemical DNA sequencing methodsl l19801980-Automated -Automated in situin situ oligonucleotideoligonucleotide synthesis synthesis instrumentinstrumentl l19851985-Mulliss discovery of PCR at -Mulliss discovery of PCR at CetusCe
6、tusl l1992-1992-AffymetrixAffymetrix(Fodors group)first gene-chip(Fodors group)first gene-chipl l1995-1995-ABIsABIs first automated DNA sequencer first automated DNA sequencerl l2006-22006-2ndnd generation DNA sequencer on market generation DNA sequencer on marketl l2007 and beyond Single molecule s
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